Schubert nasceu em Himmelpfortgrund, um pequeno subúrbio de Viena. O seu pai, Franz Theodor Florian Schubert, filho de um camponês da Morávia, era um mestre-escola da paróquia. A sua mãe, Elizabeth Fitz (ou Vietz), tinha sido, antes do casamento, criada de uma família vienense. Dos seus quatorze filhos, nove morreram durante a infância; os outros eram Ignaz (nascido em 1784), Ferdinand (nascido em 1794), Karl (nascido em 1796), Franz e a filha, Theresia (nascida em 1801). O pai, homem de reconhecida integridade moral, tinha alguma reputação como professor, e a sua escola, em Lichtenthal, era bem frequentada. Era também um músico amador razoável. Os seus filhos mais velhos, Ignaz e Ferdinand, comparavam-se ao pai na sua habilidade musical.